7 жылдан кийинки ректорлук. 1930-жылы Медициналык технукумду бүткөндөн кийин Ташкенттеги Орто Азия университетине тапшырган. 1936-жылы Фрунзе шаардык бейтапканасынын хирургия бөлүмүнө жумушка орношкон. 1941- жылы сентябрда Ахунбаев Кыргыз мамлекеттик медициналык институтта иштей баштаган. Алгач хирургия кафедрасынында ассистент, андан соң доцент, кийин кафедранын жетекчилигине чейин көтөрүлгөн. Жети жылдан кийин Ахунбаев институттун ректору жана профессору болгон.
Саясатчы хирург. СССР Жогорку Советинин 2-4 шайланышынын жана Кыргыз ССР Жогорку Советинин 5-6 шайланышынын депутаты болгон. Дал ушул кызматта турганда алган каражаттарынын баарын Москвада окуган кыргызстандык студенттерге берчү экен. Демек, Иса Ахунбаев Кыргызстандын келечеги жөнүндө терең ойлонгон.
Ахунбайка эмес Ахунбаев көчөсү. Бишкек шаарынын жана Тору-Айгыр айылынын борбордук көчөлөрүнө, Республикалык госпиталдын хирургия клиникасына анын ысымы ыйгарылган. 2008-жылы экс-президент Курманбек Бакиевдин Жарлыгы менен Кыргыз мамлекеттик медициналык академиясына ысымы берилген. 2009-жылы Академиянын алдында эстелиги ачылган.
Өзүнө-өзү операция жасаган деген кеп бар. Иса Ахунбаев менен бирге жүргөндөрдүн айтымында ал жайлоого эс алганы барып, сокур ичеги болуп калат. Жанында бир да доктур жок болот. Ошондо чабандарга бычактарды кайнаттырып, өзүнө-өзү операция жасаган деген кеп эл арасында айтылып келет.
Каргашалуу өлүм. 1975-жылы хирургду "улутчул" деп күнөөлөө күчүндө турган кезинде автокырсыкка кабылып, аны менен чогуу жубайы, кызы жана күйөө баласы көз жумган. Эл арасында бул кырсыкты улуу инсанды өлтүрүү үчүн атайын уюштурулган деп айтып келишет.
Ал кыргыз медицинасы, дегеле медицинадагы киргизген жаңылыктары, ат көтөргүс эмгектери үчүн Ленин ордени, Эмгек Кызыл Туу, Октябрь Революциясы, Эл достугу, "Ардак Белгиси" ордендери жана бир топ медалдар менен сыйланган.
