Университет 1925-жылы Кыргыз агартуу институту катары негизделген. 1951-жылы 24-майда СССР министрлеринин кеңеши Кыргыз мамлекеттик университети катары куруу боюнча токтом кабыл алган. 2002-жылы университетке ойчул Жусуп Баласагындын аты берилген.
Биринчи ректор болуп окумуштуу-тарыхчы Бегимаалы Жамгырчинов дайындалган. Ал эми учурда аталган университетти экономика илимдеринин кандидаты, доцент Чынара Адамкулова жетектейт. Ал ректор болуп 2015-жылы дайындалган.
Учурда жогорку окуу жайда 30 миңдей студент окуйт.
Бүгүнкү күнү коомго белгилүү коомдук жана саясий ишмерлердин көбү дал ушул университетти аякташкан. Алардын катарында Турдакун Усубалиев, Кыргызстандын мурдагы президент Роза Отунбаева бар.
